Em 1° de março de 1941, a União outorgou uma concessão para o Estado de Santa Catarina para a construção e exploração de um porto em São Francisco do Sul.

Em 1945 começaram as obras e o Porto de São Francisco do Sul que foi inaugurado dez anos mais tarde, em 1º de julho de 1955.

Em 1996, o Governo do Estado deu início ao arrendamento do Terminal Portuário de Santa Catarina (TESC), que começou a operar junto ao Porto de São Francisco do Sul em 2001.

Em 2004, entrou em funcionamento o corredor de exportação, a iniciativa dobrou a capacidade de carregamento que passou de mil para três mil toneladas/hora.

Em 2009 foi comemorada a conclusão da derrocagem da Laje da Cruz, permitindo ao Porto o recebimento sem obstáculos de navios com calado de 12,5 metros.

O ano de 2013 também marcou a história do Porto. Em dezembro foi inaugurada a ampliação e o realinhamento do berço 201, que passou de 150 metros para 280 metros.

Em dezembro de 2017 o Governo do Estado criou a Sociedade de Propósito Específico (SPE), que passou a administrar o terminal portuário. A SPE é subsidiária da empresa estadual SC Participações e Parcerias S.A.

Em 2018 o Porto novamente se consolidou como o maior em movimentação de cargas em Santa Catarina, o 3º maior do Sul Brasil em granel sólido e o 7º maior do Brasil em movimentação de carga geral.